この法案の根本的問題点は、以前より指摘される、

（１）人権侵害の定義の曖昧さによる恣意的拡大解釈の弊害
（２）強大すぎる権力を持つ人権委員会の存在
（３）（１）、（２）による表現の自由の束縛
（４）差別や障碍の原因が多種多様であるに関わらず、この事についての十分な議論がなされる前に、一つの機関で全ての問題に対応しようとしている事。
（５）障害者の地域生活支援サービス体制の見直しが進むなかで障害者自身の権利意識が高まっているにもかかわらず、法務省と地域生活のあり方を考える厚生労働省との間の連携がまったくおこなわれていない実態。
そして、
●何故かニュースなどではこの法案の問題点がメディア規制と外国人条項の二点だけであるかのように矮小化されてしまっている事と、当初この法案に関する報道がほとんどなされずに成立されようとしていたことです。テレビのニュースは意図的に本質を外した論点を選んでいるようです。

現在、日本が直面しているもっとも深刻な人権問題は
北朝鮮拉致問題です。
そして救う会や拉致議連は
人権擁護法案は拉致問題の解決に障害となる法案
として反対表明を明らかにしています（下記参照）。
拉致議連や救う会がこの法案に反対を表明している以上、国会議員がこの法案に賛成を表明するということは、拉致問題の早期解決を望んでいないという意志表明に値します。

そもそも多様化している差別問題や人権問題を『人権擁護』などと一括りにして新たなる人権迫害や逆差別問題が発生する危険性があるセキュリティー・ホールだらけの一つの法案を用いて解決できるとしていること自体、行政サイドの怠慢の表れではないでしょうか？

障碍者側は主に「自立支援給付法」を求めておられます。3/21
そして人権擁護法案成立には一様に懸念表明されています！
社会福祉法人日本身体障害者団体連合会（日身連）
DPI障害者権利擁護センター
日本障害者協議会（JD）

差別や障碍の原因が多種多様であるに関わらず、一つの機関で対応するのは無理であること、は容易に想像がつきます。
またマスコミがメディア規制ばかりを報じているため、法案の全体像の議論がなかったことへの不信感が大きくなっていってるのが現状だと思われます。